École du Ciel retrace un moment clef de la saga Gundam. Cette histoire se déroule entre la légendaire série originelle, Kidô Senshi Gundam - Mobile Suit Gundam - et sa déclinaison Z Gundam.
Cette guerre fratricide oppose les Forces Fédérales Terriennes à la principauté de Zeon de la colonie Side 3 en l'an U.C 0079. De ce conflit est née une nouvelle race d'humains les New Types. Cette évolution de l'espèce humaine dispose de pouvoirs psychiques, télépathiques et d'une conscience cosmique. Ces caractéristiques les rendent plus redoutables que les humains normaux.
En parallèle, les deux rivaux - Char Aznable et Amuro Rei - s'affrontent dans des duels sans merci. Amuro Rei, le New Type des Forces Terriennes, à bord de son légendaire RX-78 - le premier Gundam de l'histoire - terrassera son ennemi Char. Le bilan de cette guerre, dénommée la Guerre d'Un An en référence à sa durée, est désastreux.
L'Amiral Delaz mène les derniers combattants de Zeon et déclenche une nouvelle attaque en l'an U.C. 0083, faisant chuter une nouvelle fois une colonie sur la Terre, et entraîne des ravages similaires à ceux de la Guerre d'Un An - cette histoire est relatée dans l'animé Gundam 1183. Marquées par les atrocités de la guerre, les Forces Fédérales Terriennes fondent les Titans. Cette organisation militaire joue le rôle de médiateur à l'intérieur des colonies. Malheureusement, rapidement imbus de leur pouvoir, ils opprimeront les habitants et les Titans commetront d'horribles crimes de guerre. Ils iront jusqu'à exterminer la population entière d'une colonie. Leurs agissements mèneront à la fondation de l'AEUG, un groupe de résistance anti-Titans et héros de la série Z Gundam. Parmi eux, se trouve Char Aznable sous une fausse identité.
Les aventures de l'École du Ciel se déroulent donc entre ces deux guerres. Période trouble, où les connaissances sur les New Types ne sont pas encore très avancées...