Reprenant conscience après son combat contre Gilgamesh, Shirô essaie d'obtenir une réponse de Saber à sa déclaration d'amour. En vain, elle ne pense qu’à la guerre du Saint-Graal. Néanmoins, ils passent la nuit ensemble… Le lendemain matin, Shirô se rend à l’Église pour voir Kotomine. Ne le trouvant pas, il descend au sous-sol et découvre une scène sinistre, inimaginable. Elle fait resurgir les souvenirs douloureux des terribles événements d'il y a dix ans…